L’origine de l’église est très ancienne.
Quers était déjà centre de paroisse au XIIème siècle ; en 1211, Aymon, fils de Thomas de Faucogney, donna à l’abbaye de Bithaine, et au nom de son frère Hugues, tout ce qu’il avait « in parochia de Quer », en terres, prés, eaux, forêts et autres choses (Salsa, nouveau dictionnaire des communes tome V).
Je n’ai pas pu retrouver la date exacte de la fondation de celle-ci, tout ce que nous savons c’est que l’archevêque Thierry de Montfaucon, partant pour la croisade donna au chapitre l’église de Quers en 1189 ce qui confirme son origine presque millénaire.
En 1314, l’archevêque Vital la réunit à la mense capitulaire et démit de ses fonctions le curé qu’il remplaça par un vicaire perpétuel.
« Au VIème siècle, le mot latin mensa (la table du repas) désigne encore la table, où prennent place les clercs, et ce jusqu’au IXème siècle. C’est progressivement, que s’est forgé le sens de bien ecclésiastique et de part réservée à un membre du clergé ou une communauté religieuse.
La mense capitulaire, est réservée à l’entretien des chanoines, qui vivent en communauté dans les chapitres cathédraux réguliers ».
Un décret du 30 septembre 1807 la convertit en succursale.
« L’état des succursales à la charge du trésor public, tel qu’il a été fixé en vertu du décret du 5 nivôse an XIII (26 décembre 1804), sera porté de 24 000 à 30 000. Le nombre de succursales sera ainsi augmenté afin que dans chaque département la totalité des communes soient comprises.
Avant ce décret, la Haute-Saône comprenait 229 succursales, 58 nouvelles furent créées ».
Puis elle devint église et fut placée sous la protection de Saint-Martin.